Inżynieria białek terapeutycznych (2023/24L)

Enzymatyczna terapia zastępcza:

• https://en.wikipedia.org/wiki/Enzyme_replacement_therapy
  
• https://pl.wikipedia.org/wiki/Enzymatyczna_terapia_zast%C4%99pcza
  

Zadania:

1. Dla wybranego celu badań skompletuj następujący zestaw informacji (sekwencje należy zapisać w formacie FASTA):
• Pełną sekwencję kodującą (DNA).
• Pełną sekwencję aminokwasową.
• Sprawdź czy dostępne są struktury eksperymentalne.
• Dla każdej sekwencji/struktury podaj:
• stosowny identyfikator (UniProt, ENA/GenBank, PDB);
• jego pełną nazwę;
• link.
• W znalezionych wcześniej bazach danych wyszukaj podstawowe informacje na temat: 
• długość oraz masę molową;
• funkcję molekularną;
• zidentyfikuj domeny i miejsca aktywne;
• podaj najważniejsze modyfikacje potranslacyjne, któremu ulega białko;
• zawartość (%) aminokwasów obojętnych, kwaśnych oraz zasadowych;
• zawartość (liczba) aminokwasów alifatycznych i aromatycznych;
• zawartość (% i liczba) aminokwasów polarnych i niepolarnych;
2. Wyszukiwanie białek spokrewnionych.
• Wyszukiwanie sekwencji podobnych z użyciem algorytmu BLAST.
  Odpowiednie do tego narzędzie znajdziesz np. w ExPASy.
  
• Fragment (najlepiej kluczową domenę) sekwencji aminokwasowej wykorzystaj jako zapytanie (query) w programie BLAST i przeszukaj nią białkową bazę danych.
• Wśród wyników odnajdź i podaj przykład odpowiedniego rekordu (identyfikator i sekwencja aminokwasowa znalezionego białka w formacie FASTA):
• najbardziej prawdopodobne (wysokie parametry Score, Identity, niska wartość E, organizm: Homo sapiens); 
• średnio prawdopodobnego (średnie parametry Score, Identity, średnia wartość E, organizm: ssaki);
• mało prawdopodobnego (niskie parametry Score, Identity, niskie wartość E, organizm: inne (np. bakterie, drożdże));
• Po znalezieniu szukanego białka operację powtórz z wykorzystaniem odpowiednich odmian algorytmu BLAST (co najmniej dwóch; np. blastn i blastx) z wykorzystaniem odpowiedniej sekwencji (nukleotydowa lub aminokwasowa).
  Czy otrzymywane wyniki różnią się w zależności od wykorzystanej odmiany algorytmu?
  Zwróć uwagę jakie sekwencje dostępne są w rekordach znalezionych przy użyciu poszczególnych typów algorytmu BLAST (DNA,RNA,białko).
  Zaobserwuj w jaki sposób zmieniają się parametry Total Score oraz wartość E (E value) podczas różnych wyszukiwań.
  Czy widzisz jakąś zależność?
• Z uzyskanych wyników stwórz kolekcję sekwencji do dalszych badań składającą się z:
• sekwencji referencyjnej (funkcjonalne białko);
• sekwencji roboczej, zawierającej mutacje odpowiedzialne za jednostkę chorobową;
• 2 homologów średnio prawdopodobnych;
• 2 homologów mało prawdopodobnych.
  
• Kolekcję przedstaw w formie graficznej (dopasowanie sekwencji np. JalView) i tabelarycznej.