Bioinformatyka (2024/25-Z)

Tematyka

• Sekcja ogólna
  

  Sekcja ogólna

  • Ogłoszenia Forum
  • Ogłoszenia Forum
• Informacje ogólne
  

  Informacje ogólne

  • BI 2425-Z Plik
  • Akceptacja "Warunków zaliczenia modułu" Test (Quiz)
• Laboratorium 1-2
  

  Laboratorium 1-2

  • Wizualizacja i interpretacja struktur białek Strona
  • SPRAWOZDANIE 1 - Wizualizacja struktury (pliki przesłać na koniec lab., 10 pt) Zadanie

    Przedstaw analizowaną strukturę w formie 3 ilustracji obrazujących:

    • jej skład molekularny (liczbę monomerów, kofaktorów);
    • ogólny kształt (powierzchnię);
    • miejsce aktywne.

  • SPRAWOZDANIE 2 - (plik pdf należy przesłać w terminie 14 dni od zakończenia 2 zajęć, 30 pt) Zadanie

    Przygotuj prezentację opisującą aspekty budowy strukturalnej hemoglobiny lub innego wybranego biaka.
    Zapoznaj się z zawartością portalu Proteopedia na temat wybranego białka. Użyj informacji tam zawartych jako schematu przygotowywanej prezentacji.

    50% punktów przyznane zostanie za prezentację obejmującą zagadnienia zawarte w sekcji "Function".
    Pozostałe punkty przyznane zostaną za rozbudowanie prezentacji o dodatkowe zagadnienia z zakresu biologii strukturalnej.
    Na przykład: wykorzystując szkielet z Proteopedii lub PDB-101 przedstawić i porównać inne białko związane z funkcją transportu tlenu.

    Informacje zawarte na Proteopedia możesz przetłumaczyć korzystając z np. DeepL.

    Plik nazwij:
    NR_GRUPY-NR_ALBUMU-NAZWISKO_IMIĘ.pdf

    np.:
    

    L1-123456-Kowalski_Jan.pdf
    

    Tylko tak nazwane pliki będą zaliczane na poczet wykonania zadania!

• Laboratorium 3
  

  Laboratorium 3

  Podstawy bioinformatyki. Typowe formaty plików i przydatne narzędzia.
  

  Bioinformatyczne bazy danych.
  

  • Instrukcja - Grupa L1 Plik
  • Instrukcja - Grupa L2 Plik
  • Pliki wykorzystywane podczas zajęć laboratoryjnych
    

  • Bacillus.fasta Plik
  • 1aaw.pdb Plik
  • 6pv7.pdb Plik
  • 5eaa.pdb Plik
  • wheatM1.fastq Plik
  • Programy wykorzystywane podczas zajęć
    

  • Notepad++ 8.5 64bit Plik
  • RasMol Plik
  •  
    

  • Sprawozdanie 3 - 10 pkt. Zadanie
  • wheatB1_to_ref.sam Plik
• Laboratorium 4
  

  Laboratorium 4

  Programu CLC Sequence Viwer, przeglądarka sekwencji.
  

  • Instrukcja - Grupa L1 i L2 Plik
  • sample.fa Plik
  • Programy wykorzystywane podczas zajęć
    

  • Program CLS Sequence Viewer (wersja do instalacji) Plik
  • Kolokwium - 20 pkt Zadanie
  • Sprawozdanie 4 - 10 pkt Zadanie
• Laboratorium 5
  

  Laboratorium 5

  Dokowanie molekularne - AutoDock
  

  • Program AutoDock Plik
  • Program ADT (AutoDockTools) Plik
  • Program OpenBabel Plik
  • Instrukcja L2 Plik
  • Instrukcja L1 Plik
  • Sprawozdanie 5 - 20 pkt Zadanie
• Wykład
  

  Wykład

  • BIOINF 1 Plik 5MB Dokument formatu PDF
  • BIOINF 2 Plik 9.6MB Dokument formatu PDF
  • BIOINF 3 Plik 8.6MB Dokument formatu PDF
• Prowadzący
  

  Prowadzący

  Łyskowski Andrzej, dr inż.

  Jednostki:
  

  KATEDRA BIOTECHNOLOGII I BIOINFORMATYKI (CB)
  

  stanowisko: adiunkt w grupie pracowników badawczo-dydaktycznych
  

  pokój: H.237
  

  telefon: 17 865 1649
  

  Informacje ogólne:
  

  email: andrzej.lyskowski@prz.edu.pl
  

  
  

  Jaromin Marcin, mgr inż.

  Jednostki:
  

  KATEDRA BIOTECHNOLOGII I BIOINFORMATYKI (CB)
  

  stanowisko: starszy specjalista, asystent w grupie pracowników badawczo-dydaktycznych
  

  pokój: H.242
  

  telefon: 17 865 1838
  

  Informacje ogólne:
  

  email: mjaromin@prz.edu.pl