Prehľad témy

  • Všeobecné

  • Informacje ogólne

  • Projekt

    • Przygotuj raport w formacie prezentacji prezentujący etapy procesu inżynierii białka w zadanej tematyce.
    • Prezentację można przygotowywać w zespołach jedno lub 2 osobowych.


    • Użyteczne oprogramowanie:
      • https://www.jalview.org/
        Filmy instruktażowe i inne materiały edukacyjne:
        https://www.jalview.org/training/

    • Projekt zaliczeniowy Zadanie

      Generowanie treści raportu w systemie NotebookLM

      Za pomocą opcji w sekcji 'Studio' | 'Raporty' | 'Utwórz własny' wygeneruj treść raportu w oparciu o przygotowane przez siebie źródła obejmujący: 

      • Wstęp
        • Czym są choroby rzadkie?
        • Czym są lizosomalne choroby spichrzeniowe?
        • Czym jest enzymatyczna terapia zastępcza (ETZ)?
      • Cel projekty
        • Przedstaw wybrane przez siebie schorzenie do analizy.
        • Jakie białko (białko referencyjne, kod UniProt) odpowiada za analizowane schorzenie? 
        • Przedstaw charakterystykę biochemiczną białka referencyjnego obejmującą jego masę cząsteczkową, skład aminokwasowy, punkt izoelektryczny.
        • Przedstaw listę mutacji powodujących stan chorobowy.
        • Przedstaw listę kandydatów do wykorzystania w ETZ. Podaj ich kody UniProt, sekwencje w formacie FASTA, procent zgodności sekwencji.
        • Jakie narzędzia wykorzystano do ich odnalezienia?
        • Porównaj podstawowe parametry biochemiczne białka referencyjnego i kandydatów. Wskaż kandydata o najwyższej zgodności.
        • Porównaj zgodność biologiczną kandydatów i białka referencyjnego na podstawie analizy miejsc mutacji chorobotwórczych. Uszereguj kandydatów on najbardziej zgodnego.
      • Podsumowanie
        • Wskaż najlepszego kandydata do wykorzystania w ETZ na podstawie analizy parametrów zgodności biochemicznej i biologicznej.

      Plik w formacie pdf nazwij:

      NR_GRUPY-NR_ALBUMU1-NAZWISKO1_IMIĘ1-NR_ALBUMU2-NAZWISKO2_IMIĘ2.pdf

      np.:

      P1-123456-Kowalska_Anna-654321-Kowalski_Jan.pdf

      Tylko tak nazwane pliki będą zaliczane na poczet wykonania zadania!

      Uwagi i zalecenia (lista będzie uaktualniana):

      • pamiętaj aby uaktualnić źródła przed wygenerowaniem raportu;
      • do prezentacji sekwencji używaj czcionki o stałej szerokości (FASTA format);
      • od nazwy gatunku kandydata na ETZ cenniejszy jest kod identyfikacyjny sekwencji w bazie, z której ją pobrano;
      • nazwy aminokwasów pisze się z dużej litery;

      Kryteria oceny:

      • 3,0-3,5 - surowy tekst wygenerowany w NotebookLM w zależności o kompletności wygenerowanych odpowiedzi.
      • 4,0-5,0 - tekst wzbogacony o przygotowane/wykorzystywane w trakcie zajęć elementy graficzne (np. dopasowania sekwencji) zintegrowane z treścią raportu i w odpowiedni sposób sformatowane (odnośniki w tekście raportu, podpisy), bibliografię, tabele i spisy treści.
      • Raport można również samodzielnie rozbudować o treści, odnoszące się do jego tematyki. 

  • Wykłady

  • Prowadzący

    Andrzej Łyskowski, dr inż.

    Jednostki:

    KATEDRA BIOTECHNOLOGII I BIOINFORMATYKI (CB)

    stanowisko: adiunkt w grupie pracowników badawczo-dydaktycznych

    pokój: H.237

    telefon: 0048 17 865 1649

    Informacje ogólne:

    email: alyskowski@prz.edu.pl