Farmakologia molekularna 2025/26-Z

Prehľad témy

• Všeobecné
  

  Všeobecné

  • Ogłoszenia Fórum
• WYKŁADY
  

  WYKŁADY

  • • dr Ewa Ciszkowicz

  • • dr inż. Andrzej Łyskowski

  • FARMOL 2-1 Súbor
  • FARMOL 2-2 Súbor
  • FARMOL 2526 - TEST 1 Súbor
  • FARMOL 2-3 Súbor
  • FARMOL 2526 - TEST 2 Súbor
  • • prof. dr hab. inż. Mirosław Tyrka

• Laboratoria (dr Ewa Ciszkowicz)
  

  Laboratoria (dr Ewa Ciszkowicz)

  Nie je k dispozícii
• Laboratoria ( dr inż. Andrzej Łyskowski)
  

  Laboratoria ( dr inż. Andrzej Łyskowski)

  • FARMOL_2-4_5 Súbor 49.1KB Dokument formatu PDF
  • Ligandy

    • Chloramphenicol
      https://en.wikipedia.org/wiki/Chloramphenicol
      https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/compound/5959
      SMILES (Computed by OEChem 4.2.0 (PubChem release 2025.09.15))
      
      
    • Rifampicyna
      https://en.wikipedia.org/wiki/Rifampicin
      https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/compound/135398735
      SMILES (Computed by OEChem 4.2.0 (PubChem release 2025.09.15))
      
      
    • Phenylalanine-arginine beta-naphtylamide PAβN
      
      https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/compound/Phenylalanine-Arginine-Beta-Naphthylamide
      SMILES (Computed by OEChem 4.2.0 (PubChem release 2025.09.15))
      

    
    SERWERY

    • SMILES to pdb(qt)
      https://www.novoprolabs.com/tools/smiles2pdb
      https://www.swissparam.ch/
      https://cactus.nci.nih.gov/translate/
      https://www.bio2byte.be/acpype/
      https://www.cheminfo.org/Chemistry/Cheminformatics/FormatConverter/index.html
      https://www.webqc.org/molecularformatsconverter.php
      https://marvinjs-demo.chemaxon.com/latest/demo.html

    
    

  • SeamDock 1 Súbor
  • dock_1.pdb Súbor
  • SeamDock 2 Súbor
  • dock_2.pdb Súbor
  • SeamDock3 Súbor
  • dock_3.pdb Súbor
  • LINK DO PRZESYŁANIA RAPORTU: Dokowanie molekularne inhibitora pompy efflux Zadanie

    Raport z wykonania zadania w formacie pdf powinien zawierać:

    • zwięzły opis pompy efflux
    • hipotezę roboczą dotyczącą działania inhibitora
    • charakterystykę ligandów (antybiotyki i inhibitor)
    • charakterystykę receptora
    • wyniki dokowania
    • interpretację wyników dokowania

    
    

    Opracowanie wyników dokowania do raportu

    • Załadować wyniki dokowania (plik *.pdb, File | Open, można dodać wszystkie pliki jednocześnie)
    • Dopasować do siebie struktury (A | align | to molecule)
    • Ukryć strukturę białka (H | cartoon)
    • Pokazać _wszystkie_ zadokowane ligandy (A | state | all state)
    • Wykonać analizę wyników:
    • czy ligand dokuje się w jednym miejscu?
    • czy antybiotyki dokują się w tym samym miejscu?
    • czy antybiotyk/i dokują się w tym samym miejscu co inhibitor?
    • Na podstawie obserwacji zaproponować mechanizm działania inhibitora

    
    

    • Proszę zadbać by ilustracje do raportu zawierały podstawową legendę pozwalającą na interpretację (kolor 1 - ligand 1, etc.)
    • Zachęcam do korzystania z AI by uzyskać instrukcje 'jak to zrobić' w PyMOL'u...

    
    

    Proszę stawiać na jakość nie na ilość. Przede wszystkim proszę zadbać o poprawne i wyczerpujące formatowanie prezentowanych informacji.

    Termin zwrotu: 02.02.2026 r 12:00 
    Skala ocen: od 2,0 (ndst) do 5,0 (bdb)

  • Przykłady formatowania prezentacji naukowych Súbor
• PROWADZĄCY
  

  PROWADZĄCY

  Tyrka Mirosław, prof. dr hab. inż.

  Jednostki: KATEDRA BIOTECHNOLOGII I BIOINFORMATYKI (CB)

  stanowisko: profesor w grupie pracowników badawczo-dydaktycznych, kierownik jednostki

  pokój: H.144

  telefon: 17 865 1927

  Informacje ogólne:

  email: mtyrka@prz.edu.pl

  
  

  Ciszkowicz Ewa, dr

  Jednostki: KATEDRA BIOTECHNOLOGII I BIOINFORMATYKI (CB)

  stanowisko: adiunkt w grupie pracowników badawczo-dydaktycznych

  pokój: H.246

  telefon: 17 865 1759

  Informacje ogólne:

  email: eciszkow@prz.edu.pl

  
  

  Łyskowski Andrzej, dr inż.

  Jednostki: KATEDRA BIOTECHNOLOGII I BIOINFORMATYKI (CB)

  stanowisko: adiunkt w grupie pracowników badawczo-dydaktycznych
  

  pokój: H.237
  

  telefon: 17 865 1649
  

  Informacje ogólne:
  

  email: andrzej.lyskowski@prz.edu.pl